Sau khi Majapahit diệt vong, Chính vụ bộ của Quảng Tế Pháp sư lại một phen bận rộn. Đảo Java tuy nhỏ, nhưng lại có dân số quá đông. So với đảo Puni ở phía bắc, diện tích của đảo Java chỉ bằng 1/6, nhưng dân số lại nhiều hơn gấp 10 lần, đến hơn 1.600 vạn, nhiều hơn cả phần còn lại của Thần Thánh Đế quốc.
Phần đất đai mới chiếm được gồm đảo Java và quần đảo Bali ở phía đông, cho đến tận Timor, được chia thành 3 tỉnh. Đảo Java rộng 126.700 kilômét vuông được chia làm đôi, thành 2 tỉnh : Kalapa và Kediri. Quần đảo Bali rộng 88.627 kilômét vuông, thành lập tỉnh Bali. Thần Thánh Đế quốc tăng thêm 3 tỉnh, dân số tăng thêm hơn 1.600 vạn. Do dân số ở Java quá đông, Giang Phong đã cho di dời dân chúng ở những tiểu quốc chống đối sang đảo Puni và đảo Đài Loan ở phía bắc, mỗi đảo khoảng 400 vạn, lại đưa 400 vạn sang Gia Định và các vùng lân cận mới lấn chiếm được từ Đế quốc Khmer, chỉ để lại Java 400 vạn. Đương nhiên, kế hoạch di dân khổng lồ này không thể tiến hành trong một thời gian ngắn, mà dự định sẽ kéo dài trong khoảng từ 3 đến 5 năm. Thời gian đầu chỉ di dân đến đảo Puni trước, nơi đó đất rộng người thưa, đang cần thêm người để khai phá.
Trong khi bọn Triệu Phong đang chinh phục các xứ Java, Giang Phong ở Gia Định Thành vẫn luôn chú ý diễn biến cuộc chiến tranh giữa Đại Minh và Đại Ngu. Chiến hạm có tốc độ nhanh nhất được sử dụng để truyền tin tức từ phương bắc vào.
Sau khi chiếm được Thăng Long, biết căn cứ chính của nhà Hồ ở Tây Đô, triều đình nhà Hồ đang đóng ở đấy, quân Minh đã theo đường sông Phú Lương tiến đánh.
Ngày 20 tháng 2 năm Đinh Hợi (1407), Hồ Quý Tỳ (em Hồ Quý Ly) tiến quân đến Lỗ Giang. Quân hai bên đυ.ng độ nhau ở bờ sông. Quân nhà Hồ có 500 chiến thuyền, còn quân Minh đánh theo cả hai đường thủy bộ. Kết quả quân nhà Hồ đại bại, mất 100 chiến thuyền và 1 vạn binh lính, phải lui về Muộn Hải. Quân Minh bắt được hơn trăm người, trong đó có các tướng nhà Hồ và đem ra chém hết. Hồ Quý Ly cùng Hồ Hán Thương lui về Tây Đô.
Trong khi đó, Hồ Xạ và Hồ Đỗ không giữ được Bình Than, chạy qua cửa Thái Bình đến Muộn Hải hợp binh với Hồ Quý Tỳ. Các tướng cùng đắp lũy, đúc súng, huy động nhân lực ra mặt trận chống giặc. Tuy nhiên, khi quân Minh đuổi đánh đến nơi, quân nhà Hồ chống không nổi, lại phải lui về cửa biển Đại An.
Quân Minh sau một thời gian giao chiến phát sinh bệnh tật, cửa Muộn Hải ẩm thấp nên Trương Phụ phải mang quân ra đóng ở Hàm Tử. Hồ Quý Tỵ cùng Hồ Đỗ, Đỗ Mãn dời quân đến Hoàng Giang, sai người đón Hồ Quý Ly và Hồ Hán Thương ra; sau đó cùng Hồ Xạ, Trần Đĩnh hợp quân thủy và quân bộ cùng tiến lên cửa Hàm Tử đánh quân Minh. Quân nhà Hồ lúc này có tổng cộng 7 vạn, nói thăng lên 21 vạn để phô trương thanh thế.
Ngày 30 tháng 3, quân nhà Hồ tập kết ở Hàm Tử. Hồ Xạ và Trần Đĩnh lãnh quân bộ ở bờ nam sông; Đỗ Nhân Giám và Trần Khắc Trang lãnh quân bộ ở bờ bắc sông; Nguyễn Công Chửng lãnh 100 chiến thuyền làm tiên phong. Quân Minh chia ra 2 mặt thủy bộ, đặt phục binh đón đánh. Hồ Xạ đoán quân Minh có mai phục, không chịu tiến quân. Hồ Đỗ sai người đến trách Hồ Xạ vì sao không tiến quân đánh giặc. Hồ Xạ bất đắc dĩ phải tiến đánh, rồi gặp phục binh, quân nhà Hồ đại bại. An phủ sứ Bắc Giang là Nguyễn Hy Chu bị Trương Phụ bắt sống, Hy Chu chửi Phụ là giặc tàn bạo, bị Phụ gϊếŧ. Đại tướng Hồ Xạ tử trận, quân bộ hai bên bờ sông đều nhảy xuống sông rồi chết đuối, quân thủy chạy thoát được, nhưng các chiến thuyền chở lương đều bị chìm. Có đến hàng vạn quân nhà Hồ tử trận, máu đỏ nhiễm hồng cả mặt sông. Hồ Quý Ly và Hồ Hán Thương cùng các tướng bỏ chạy về Tây Đô.
Cha con Hồ Quý Ly thua chạy vào Thanh Hóa, bị quân Minh đuổi gấp, định dùng hậu phương mới chiếm được từ Chiêm Thành để kháng cự, bèn viết thư cho Phạm Thế Căng đang trấn thủ Nam Trấn, sai lấy một phần ba số dân Việt di cư khi trước mới đến khẩn hoang ở Thăng Hoa, gộp với quân lính địa phương làm quân ‘cần vương’ điều ra bắc, giao cho Nguyễn Lỗ chỉ huy, lại phong cho hoàng tử nước Chiêm cũ là Chế Ma Nô Đà Nan làm ‘Thăng Hoa quận vương’ để vỗ về dân Chiêm tại đây. Chế Ma Nô Đà Nan là con của Chế Bồng Nga, vì tướng La Khải cướp ngôi nên hai con của Chế Bồng Nga phải chạy sang hàng Đại Việt, đều được phong hầu.
Tuy nhiên, vua Chiêm Thành là Ba Đích Lại nhân lúc nhà Hồ bị quân Minh đánh bại, cũng cất quân bắc tiến, lần lượt chiếm lại những vùng đất vốn bị nhà Hồ chiếm giữ hồi năm Nhâm Ngọ (1402). Quân Chiêm đánh chiếm châu Tư, châu Nghĩa, gϊếŧ chết Chế Ma Nô Đà Nan và tiến lên đánh phủ Thăng Hoa. Phạm Thế Căng lấy cớ phải chống cự quân Chiêm, không điều viện binh cho Hồ Quý Ly. Đồng thời, 1 vạn quân được điều đến trấn giữ quan ải ở Hoành Sơn (tức đèo Ngang), ngăn hẳn phương nam với phương bắc. Hiện tại ở Tân Bình, Thuận Hóa có 3 vạn quân bản bộ của Phạm Thế Căng, cùng với 3 vạn Bảo Tiệp quân, ngoài biển lại được một phân hạm đội của Bắc Dương Hạm đội tuần phòng, hoàn toàn đủ khả năng phòng ngự quân Minh hoặc quân Chiêm.
Ngày 23 tháng 4, quân Minh đánh vào Lỗi Giang, quân nhà Hồ không đánh mà tan. Ngày 29, quân Minh đánh vào cửa biển Điển Canh, thủy quân nhà Hồ tự tan vỡ. Cha con Hồ Quý Ly định lánh đến Thâm Giang nhưng không thành. Tướng Ngụy Thức xin hai cha con Hồ Quý Ly tự thiêu vì : “Nước sắp mất, bậc vương giả không chết bởi tay kẻ khác”. Nhưng Quý Ly không nghe, nổi giận, chém chết Ngụy Thức, rồi bỏ chạy vào Nghệ An.
Đến Kỳ La thuộc Tân Bình, có bô lão nói rằng đất này không lành, không nên ở. Chỗ đó là Kỳ La cạnh núi Thiên Cầm. Kỳ La được người địa phương đọc chệch thành Ky Lê, nghĩa là trói họ Lê - họ cũ của Hồ Quý Ly; Thiên Cầm là ‘trời bắt’. Hồ Quý Ly không nghe, chém chết ông lão.
Ngày 5 tháng 5, quân Minh đánh vào cửa biển Kỳ La (huyện Kỳ Anh, tỉnh Hà Tĩnh ngày nay). Hàng tướng người Việt là Nguyễn Đại bắt được Hữu tướng quốc Hồ Quý Tỳ. Ngày 11, quân Minh đánh vào Vĩnh Ninh, Vương Sài Hồ bắt được Hồ Quý Ly ở ghềnh Chẩy Chẩy. Ngày 12, bộ tướng của Mạc Thuý là Nguyễn Như Khanh bắt được Hồ Hán Thương và thái tử Hồ Nhuế ở núi Cao Vọng (huyện Kỳ Anh, Hà Tĩnh).
Nhà Hồ hoàn toàn thất bại.
Trong các tướng nhà Hồ, Hồ Xạ và Đỗ Nhân Giám tử trận, Lê Cảnh Kỳ tuyệt thực mà chết, Kiều Biểu và Ngô Miễn nhảy xuống sông tự vẫn. Số các đại thần còn lại : Nguyễn Phi Khanh, Nguyễn Cần, Đỗ Mãn, Trần Nhật Chiêu, Hồ Đỗ, Phạm Lục Tài, Nguyễn Ngạn Quang, Đoàn Bổng, … đều hàng quân Minh. Trương Phụ, Mộc Thạnh sai Liễu Thăng, Lỗ Lân, Trương Thăng, Du Nhượng, Lương Định, Thân Chí bắt giải Hồ Quý Ly, các con cháu và các tướng, cùng ấn tín về Kim Lăng, kinh đô của Minh triều.
Tháng 8, Trương Phụ và Mộc Thạnh đem quân về Tàu, lưu lại Lữ Nghị, Hoàng Phúc trấn giữ Đại Việt. Cha con Hồ Quý Ly và Hồ Hán Thương bị đày ra Quảng Tây làm lính. Trong số những quan lại nhà Hồ bị bắt, vua Minh giả vờ cho một số người làm thị lang, tham chính ở các nơi xa, nhưng trên đường đi thì sai người trừ khử.
Về hành chính, Minh triều cải Đại Việt thành quận Giao Chỉ, lập 17 phủ : Giao Châu, Bắc Giang, Lạng Giang, Tam Giang, Thái Nguyên, Tuyên Hóa, Kiến Bình, Tân An, Kiến Xương, Phụng Hóa, Thanh Hóa, Trấn Man, Lạng Sơn, Nghệ An, Tân Bình, Thuận Hóa, Thăng Hoa. Dưới 17 phủ là 47 châu, 154 huyện, 1 vệ, 13 sở. Trong 17 phủ trên, các phủ Thuận Hóa, Thăng Hoa thực chất chỉ đặt khống, vì vùng này hiện do Phạm Thế Căng trấn giữ, quân Minh chưa chiếm được. Còn phủ Tân Bình quân Minh chỉ chiếm được phần phía bắc đèo Ngang. Kể từ đèo Ngang vào nam là vùng quản hạt của Phạm Thế Căng. Do đó, trên thực tế Minh triều chỉ quản lý được 14 phủ và nửa phía bắc phủ Tân Bình, địa giới phía nam chỉ đến đèo Ngang.
Sau khi chiếm được Đại Việt, Minh triều sai lùng bắt người tài năng, có sức khỏe, các thợ giỏi bắt mang về Tàu. Kết quả bắt được hàng nghìn người đưa về phục vụ cho triều đình nhà Minh. Cũng may một số người tài hoa nổi bật đã được bí mật đón vào nam, nếu không Đại Việt tổn thất càng nặng nề hơn. Chỉ đáng tiếc, khi nhà Hồ còn, người của Quảng Tế Pháp sư không thể công khai hành động, nên vẫn còn để lại rất nhiều thợ giỏi mà quân Minh đã bắt được.
(chú : dân số các nơi thời xưa không rõ ràng, trong truyện lấy theo tỷ lệ của Đại Việt. Thời Trần – Hồ, dân số Đại Việt có khoảng 3 triệu người Kinh, 2 triệu người ‘man’. Cũng khu vực đó ngày nay có khoảng 40 triệu. Do đó, dân số các nơi khác đều lấy theo tỷ lệ 1/8 so với dân số ngày nay. Có thể không chính xác, nhưng kể ra cũng hợp lý. Dù sao cũng chỉ là truyện).